1. Sekretariat Jenderal;
2. Direktorat Jenderal Pembangunan Desa dan Perdesaan;
3. Direktorat Jenderal Pengembangan Ekonomi dan Investasi Desa, Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi;
4. Direktorat Jenderal Percepatan Pembangunan Daerah Tertinggal;
5. Direktorat Jenderal Pembangunan dan Pengembangan Kawasan Transmigrasi;
6. Inspektorat Jenderal;
7. Badan Pengembangan dan Informasi Desa, Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi;
8. Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia dan Pemberdayaan Masyarakat Desa, Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi;